В 1920-е годы, на пике интереса общества к истории края, по всей стране создавались краеведческие кружки. В Ялуторовске на базе городской библиотеки любители-краеведы также объединись в краеведческий кружок. Но уже через короткое время было принято решение об учреждении краеведческого музея. Это произошло 9 ноября 1927 года. Новый импульс в становлении музея придал Иван Юрьевич Озолин, первый директор, которому принадлежит открытие, ставшее значимым в истории города и государства в целом.
В 1935 году при ремонте печи своего дома он нашел письмо декабриста М.И. Муравьева-Апостола, запечатанное в зеленую бутылку. Это послужило основанием создать первый в Советском Союзе музей Памяти декабристов. В Тюменском регионе Ялуторовский музей становится точкой притяжения по декабристской тематике.
В 1950-е гг. устанавливаются дом декабриста, воплотившего свои смелые идеи об открытии школ для ялуторовских мальчишек и девчонок — И.Д. Якушкина и могила декабриста А.В. Ентальцева. Оба объекта вошли в перечень памятников исторического и культурного наследия федерального значения. Музейными работниками создаются новые экспозиции, выставки, ведется большая экскурсионная и просветительская работа в трудовых коллективах, со школьниками и студентами, гостями города.
В 1970 г. возводится здание краеведческого музея, в котором богатое историческое наследие представлено в постоянной экспозиции. В начале 1990-х годов на историческую родину, в Ялуторовск, благодаря исследованиям научных сотрудников музея, вернулось забытое имя российского мецената и крупного промышленника Саввы Мамонтова.
В 2000 году в бывшем купеческом особняке С.К. Воробейчикова открылся музей Дом природы, где представлен животный и растительный мир края. Музей интересен уникальным экологическим двором под открытым небом, на территории которого спрятались «следы невиданных зверей», барсучья нора и медвежья берлога.
В 2017 году еще один музей вошел в состав комплекса – «Торговые ряды». Это объект культурного наследия, ведущий свою «биографию» с 1821 года! Сегодня в музее реализуются крупные выставочные проекты из фондов Тюменского музейно-просветительского объединения, отражающие историю и культуру сибирского края и России.
Музей поддерживает давнюю связь с потомками декабристов, тесно сотрудничает с Московским отделением Российского общества «Наследие декабристов», Государственным историко-художественным и литературным музеем-заповедником Абрамцево.